SA Innove struktuuritoetuste üksus vahendab Euroopa Liidu tööelu ja hariduse valdkonna toetusi. Korraldatakse avatud taotlusvoore, nõustatakse toetuse taotlejaid ja saajaid, korraldatakse toetuste väljamaksmist ja kontrolli, kogutakse ja koostatakse aruandeid. Osaletakse ka struktuuritoetuste alaste õigusaktide ja juhendite väljatöötamises.
Struktuuritoetuste perioodil 2007-2013 on SA Innove vahendada kokku üle 6 miljardi krooni on järgmiste suundade Euroopa Sotsiaalfondi ja Euroopa Regionaalarengu Fondi toetusraha:
- Inimressursi arendamise rakenduskava prioriteetne suund „Elukestev õpe”
- Inimressursi arendamise rakenduskava prioriteetne suund „Pikk ja kvaliteetne tööelu”
- Elukeskkonna arendamise rakenduskava prioriteetne suund „Hariduse infrastruktuuri arendamine”
Suunas "Elukestev õpe" ning "Pikk ja kvaliteetne tööelu" toimuvad avatud taotlusvoorud, kus taotlemine on avatud kõigile määruses toodud sihtgruppidele.
Elukeskkonna arendamise rakenduskavasse planeeritud Euroopa Regionaalarengu Fondi toetusraha on Innove koordineerida üle 3,3 miljardi krooni, mis jaotatakse toetuse saajatele läbi investeeringute kavade. Avatud taotlemist ei toimu, toetuse saaja on määratud riiklikul tasandil. Toetusraha abil renoveeritakse ja ehitatakse üle Eesti õppehooneid, õpilaskodusid, noorte- ja nõustamiskeskusi, kaasajastatakse õppevahendeid, seadmeid ja sisustust.
SA Innove koordineerida on kolm meedet:
- Kutseõppeasutuste õppekeskkonna kaasajastamine - toetatakse 90 projekti.
- Hariduslike erivajadustega õpilaste õppekeskkonna kaasajastamine – toetatakse 34 projekti.
- Avatud noortekeskuste, teavitamis- ja nõustamiskeskuste ning huvikoolide kaasajastamine – toetatakse 47 projekti.
Struktuuritoetuste perioodil 2004-2006 oli SA Innove koordineerida 1,1 miljardit krooni Euroopa Liidu struktuuritoetust.
Euroopa Regionaalarengu Fondi abil toetati meetmes 4.3 „Kutse- ja kõrghariduse ning seda toetava infrastruktuuri kaasajastamine” 10 kutsekooli, 4 kutsekõrgharidust pakkuvat kooli, 5 teavitamise- ja nõustamiskeskust ning 7 noortekeskust. Kokku sai toetusraha 66 erinevat projekti .
Euroopa Sotsiaalfondi meetme 1.1 „Tööjõu paindlikkust, toimetulekut ja elukestvat õpet tagav ning kõigile kättesaadav haridussüsteem” raames toimus 6 taotlusvooru ning toetust sai kokku 201 projekti.
Toetuse vahendamine läks edukalt, välja maksti pea kõik plaanitud toetussummad. Perioodi lõpuks oli Euroopa Sotsiaalfondi toetuse kasutamise protsent kogu mahust 100,02 % ning Euroopa Regionaalarengu Fondi puhul 99, 83%.